Fællesbestyrelsen
Hovedstadens Privatskoler, Jakobskolen og Filipskolen, har samme bestyrelse - Fællesbestyrelsen.
Skoleleder og medarbejderrepræsentanter fra begge skoler deltager i bestyrelsesmøderne.
Skolebestyrelsen
Skolebestyrelsen består af 3 bestyrelsesmedlemmer og 2 forældrerepræsentanter valgt af forældrerepræsentantskabet.
Lærerrådsformand og skoleleder deltager i Skolebestyrelsen.